proeven
Hallo allemaal,
Weinig nieuws vandaag, maar toch maar een postje. Ik ben weer verder gegaan met de proeven die gisteren zo goed gelukt waren, maar niet voordat ik eerst het goede nieuws had verteld aan mijn baas. Die sprong een gat in de lucht, want hij had er weinig vertrouwen in dat het ging lukken (toegegeven mijn aanpak was tricky).
Misschien is het handig om proberen uit te leggen wat er nu precies gelukt is en wat daar zo leuk aan is. Ik werk op het moment aan een eiwit dat er voor zorgt dat kankercellen heel hard gaan delen, waardoor een kankergezwel kan groeien. Nu komt er in bepaalde kankersoorten een kapotte versie van dit eiwit voor. Normaal heeft het niet-kapotte eiwit een gedeelte waaraan bepaalde stofjes zich kunnen hechten en ervoor zorgen dat het eiwit “uit” gaat, dat het dus niet meer actief ervoor kan zorgen dat de cellen blijven delen. Bij het kapotte eiwit is dit gedeelte verdwenen, waardoor het eiwit continu “aan” blijft staan. Hierdoor gaan de kankercellen nog harder delen. Ook blijkt, dat kankerpatienten die dit kapotte eiwit in hun kankercellen hebben, veel minder gevoelig zijn voor bepaalde medicijnen. Die medicijnen, die er voor zorgen dat de kankercellen dood gaan, kunnen dus veel minder goed hun werk doen. Het zou heel fijn zijn om dit op voorhand te kunnen voorspellen, zodat patienten niet onnodig medicijnen met veel bijwerkingen (chemotherapie) voorgeschreven krijgen, terwijl die medicijnen waarschijnlijk weinig effect kunnen hebben. Daarom zoeken wij naar een manier om het kapotte eiwit te kunnen aantonen in kankerweefsel. Dit kon tot voor kort heel goed, omdat er een stofje (antilichaam) op de markt was, waarmee je het kapotte eiwit in hele dunne plakjes van een tumor kan aankleuren. Deze plakjes kun je dan onder de microscoop bekijken en als het kapotte eiwit in de kankercellen zit, worden deze cellen aangekleurd. Helaas is dit stofje een paar maanden geleden van de markt gehaald, we weten niet waarom, maar we vermoeden dat er problemen met het patent zijn. Er moest dus een andere manier gevonden worden waarop het kapotte eiwit aangetoond kan worden. Ik ben op het idee gekomen om niet naar het eiwit te kijken, maar naar het RNA. RNA is een soort kopie van het DNA, maar dan niet van het hele DNA, maar van 1 gen. Dit RNA wordt gebruikt om de DNA code in een eiwit om te zetten. De fout in het kapotte eiwit is dus ook in het RNA terug te vinden (en waarschijnlijk zelfs in het DNA, het gen voor het eiwit, maar het is nog niet helemaal zeker of dit altijd zo is). Ik heb een techniek opgezet om de fout van het eiwit ook in het RNA aan te tonen (voor de insiders: een RT-PCR, de techniek waarmee ik ongeveer mijn hele proefschrift heb gevuld, ik kan er maar geen genoeg van krijgen).
Tot zover is het allemaal heel straightforward, maar het grote probleem was dat, om te testen of de techniek ook daadwerkelijk werkt, we weefsel nodig hadden, waarvan we zeker wisten dat het kapotte eiwit erin aanwezig was. En dat weefsel hadden we niet. We hebben heel veel rondgevraagd, maar collega-wetenschappers bleken met precies hetzelfde probleem te zitten. Ik ben toen de literatuur ingedoken en heb uitgezocht in welk weefsel het kapotte eiwit het meest voorkwam. Dat bleek de versie van hersentumoren te zijn waaraan ik werk, alleen dan bij volwassenen. Laten we nu net drie weken terug in Tooting (daarover heb ik al eerder geblogd) 228 stukjes weefsel van deze hersentumoren van volwassenen opgehaald hebben! Volgens de literatuur zou het eiwit in 20-40 procent van deze tumoren aanwezig moeten zijn, een redelijk grote kans dus dat we het zouden moeten vinden in een aantal van deze 228 stukjes weefsel. Daarmee was het probleem nog niet opgelost, want deze stukjes weefsel waren in paraffine, een soort kaarsvet, gegoten om ervoor te zorgen dat het weefsel goed geconserveerd bleef. Goed geconserveerd voor het analyseren van de structuur van het weefsel onder de microscoop, maar dat betekent niet automatisch ook dat het goed is voor het werk wat wij er mee willen doen. Het is vrij algemeen bekend dat paraffine geen goede uitwerking heeft op RNA. RNA is van nature heel instabiel, als ik er mee aan het werken ben moet ik ook altijd handschoenen aan om ervoor te zorgen dat er niets vanaf mijn handen in de reageerbuis komt, omdat het RNA anders afbreekt. Op hoop van zegen heb ik toch RNA uit een aantal van deze stukjes weefsel geisoleerd (de proef waarover ik gisteren schreef, die zo uit was gelopen). De uitkomst bleek alles mee te vallen. Het RNA dat ik uit het weefsel had gehaald was weliswaar afgebroken, maar lang niet zo erg als ik verwacht had, en bovendien was de opbrengst veel hoger dan ik had durven dromen. Ik heb er dus mijn zelfbedachte proef (RT-PCR) op los gelaten en heb inderdaad in 1 van de 8 stukjes weefsel iets gevonden wat zeer waarschijnlijk het foute RNA voor het kapotte eiwit is. Om dat helemaal zeker te weten moet ik van dit stukje RNA (voor de insiders PCR produkt) de DNA code nog bepalen, dan hebben we 100% aangetoond dat dit het RNA is voor het kapotte eiwit. Het is ontzettend goed dat de techniek dus werkt, maar het is eigenlijk nog leuker dat we nu weefsel hebben waarvan we zeker weten dat het kapotte eiwit erin aanwezig is, dat maakt het veel makkelijker om ook andere technieken om het kapotte eiwit, en misschien zelfs het kapotte gen aan te tonen, te ontwikkelen.
Anyway, ik ben nu dus bezig met het bevestigen dat we ook daadwerkelijk het RNA voor het kapotte eiwit te pakken hebben, maar voorlopig ben ik weer aan het wachten op spulletjes die ik daarvoor heb besteld. Gelukkig heb ik ook nog andere dingen te doen, zoals 200 reageerbuisjes opnieuw sorteren omdat mijn collega het doosje perongeluk uit de vriezer gegooid had… Hij heeft overigens zelf alle buisjes voor me opgeraapt en zelfs de vriezer van zijn plek afgesleept om dingen daaronder uit te halen. Alle 200 buisjes waren terecht, want me zeer verbaasde, want ronde buisjes van 1.5 cm lang een een diameter van 0.5 cm rollen heel ver en zijn heel lastig terug te vinden in een lab dat van onder tot boven volgestapeld staat met apparatuur. Inmiddels heb ik het doosje goed dichtgetaped zodat, mocht er nog eens een collega onvoorzichtig zijn, de buisjes in ieder geval in het doosje blijven.
Inmiddels ben ik weer lekker thuis. Het is hier nu eindelijk goed afgekoeld, buiten is het nog een graad of 22 en binnen is het heerlijk. Echt veel regenen doet het nog steeds niet, alleen een beetje als ik op mijn werk zit denk ik, zien doe ik het niet, maar op wimbledon (dat ik zo nu en dan even illegaal volg via mijn computer) zie ik regelmatig de zeilen over het heilige gras liggen. Ik ben in ieder geval nog niet natgeregend en alle grassprietjes zien er nog steeds uit alsof ze heel veel dorst hebben.
Ik geloof dat dat het wel zo’n beetje was. Ik hoop dat mijn verhaal over het kapotte eiwit een beetje duidelijk is, want het is toch best lastig om zo’n technisch verhaal, waar ik zelf helemaal inzit, zo uit te leggen dat iedereen het snapt.
Voor nu welterusten en tot de volgende keer
groeten
Dorine